Una de las principales diferencias entre el canon hebreo y el canon cristiano es la manera de analizar que libros serian inspirado. Mientras el canon hebreo consideraba a todos los libros del A.T. como inspirados, para el canon cristiano tenian que pasar una serie de reglas para ser considerados inspirados y entrar en el canon.
Otra de las diferencias es la desicion de considerar si los escritos verdaderamente fueron de los apostoles ya sea directa o indirectamente. Esta es una clara diferencia ya que muchos escritos de los apostoles no eran escritos en Hebreo, el cual era un requerimiento solo del canon hebreo.